全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和，包含mRNA，small RNA，lncRNA，circRNA等编码和非编码RNA。通过构建lncRNA文库和小RNA文库测序，来实现4种RNA层面的分析，并结合4种RNA信息进行ceRNA联合分析，利用全转录组测序技术来探究潜在的调控网络机制已成为解释生物学现象的有效技术手段。
| 产品类型 | 测序平台及策略 | 指标 | 周期 |
| IncRNA测序 | Illumina X Plus PE150 | 12 Gb clean data | 共计50天 |
| 小RNA测序 | Illumina X Plus PE150 | 10 Mb Reads |
共鉴定出9,282个已知mRNA，4,961个已知lncRNA以及8,703个novel 基因，且在EMT过程中lncRNA表达水平变化显著高于mRNA，可能发挥更关键的调控作用。此外，共鉴定出512个novel lncRNA，2,208个circRNA，大量circRNA差异表达可能参与调控EMT。
LncRNA-mRNA共表达网络显示3个lncRNA位于5个独立的网络节点之间，可能发挥重要的调控作用。为验证该假设，在MCF10A及SK-BR-3中应用RNAi技术沉默3个lncRNA，发现沉默掉RP6-65G23.5后上皮标记物显著下调，间充质标记物显著下调，MCF10A及SK-BR-3中细胞移植及入侵增加。结果表明，RP6-65G23.5可能在EMT过程中发挥关键调控作用。
Liao J Y, Wu J, Wang Y J, et al. Deep sequencing reveals a global reprogramming of lncRNA transcriptome during EMT[J]. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, 2017.
