宏基因组是利用高通量测序技术以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上，进一步探究微生物群体功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。
产品优势
- 项目周期建库测序快速周期仅需10天，保证交付成果。
- 提取经验拥有土壤、粪便、肠道内容物、滤膜等各类环境样本的提取经验。
- 分析内容基因组组装与分箱，进行种属鉴定以及多样性分析等多项分析内容。
二代宏基因组
- 产品简介
- 技术流程
- 样本要求
- FAQ
核酸样本：
| 产品类型 | 文库类型 | 核酸样本送样要求 |
| 二代宏基因组测序 | 350bp小片段文库 | 样本类型：无蛋白和 RNA 污染的样品 |
| 样品需求量：≥0.5µg | ||
| 样品浓度：≥5ng/μL | ||
| 样品纯度：OD260/280=1.6~2.2； OD260/230= 0.8~2.2 |
环境样本：
| 环境样品 | 种类 | 送样量 | 备注 |
| 土壤类 | 普通土壤 | 250-500mg/管 | 建议每个样本取3~5管以上备份 |
| 根际土壤 | |||
| 淤泥/污泥 | |||
| 粪便类 | 大型动物粪便 | 100-200mg/管 | |
| 小型动物颗粒粪便 | 3粒 | ||
| 肠道内容物 | 100-200mg/管 | ||
| 滤膜类 | 水体滤膜 | 过滤5-10L | |
| 拭子类 | 拭子类 | 2-3个拭子棉签头/管 | |
| 唾液类 | 唾液类 | 2-5mL | |
| 其他 | 建议样本多制备几份 |
- Q: 为何基于组装后的物种分bin和物种注释，种类和数量会与基于reads直接注释的结果有差异？A：基于reads直接注释，是考虑reads和数据库物种基因组比对的相似性和比对到的数量，相对较准，但会受到数据库丰度和数据库内物种的相似性影响。而基于组装后结果分bin再注释，限于原始样品的物种丰度，组装软件的准确性等，组装较好且较完整的bin或物种注释的效果更好。一般组装获得的物种较少。
- Q: 基于组装后的结果分bin的作用？A：分Bin相当于把样品中混合组装的微生物，按物种进行区分，最终获得单个物种的组装结果，通常组装质量较好的物种，会被保留，后续如果深入研究这些物种，也可以用分bin后的结果当成参考基因组，进行各种有参分析。