NovaSeq 6000 测序服务
建库测序10天,纯测序包lane3天,纯测序散样7天
文库类型 | 质量标准 | 体积(μL) | QPCR浓度 (nM) | 质量浓度 (ng/μ) | 容器 |
NovaSeq 6000平台文库 | 1. 小片段污染<5 % 2. 片段范围200-1500bp(起峰到落峰) 3. 碱基平衡性 4. 主峰在270-600 bp | 单G/包lane 测序≥30 包FC测序≥75 | >3 | >1 | 1.5mL 离心管 |
注:
Qubit检测浓度要求与文库插入片段直接相关,上机定量以QPCR浓度为准(摩尔浓度(nmol/L)=1515*质量浓度(ng/μl)/平均插入片段大小);
如文库浓度>40ng/μl(片段大小为350bp时,摩尔浓度为173.1 nM),则建议客户将文库浓度稀释至20ng/μl左右(片段大小为350bp时,摩尔浓度为86.6 nM);
若文库引物二聚体比例>5%或文库片段大小偏差>10%则需要项目管理与客户沟通,风险上机客户需承担相应风险,当文库QPCR浓度为1-3nM时,公司根据实际情况可风险上机,但不承诺产出;文库QPCR浓度<1nM时,不再接入上机测序。
NovaSeq 6000系统充分整合了illumina 台式测序仪成熟技术,其测序通量高、测序周期短、测序单价低,适用于包括全基因组、外显子、转录组、表观类、单细胞类等文库类型的测序。
1、数据量
以下统计了安诺近期NovaSeq 6000 S4 PE150 50张Flow Cell(200条lane)碱基平衡文库的数据产出,从数据统计结果可以看出,平均每张Flow Cell数据产出3.73Tb,平均每条lane数据产出932.4Gb,远超出illumina官方指标。
Novaseq 6000 S4 PE150 测序数据统计
数据产出Tb/FC | 实际统计FC数 | 百分比 |
>4.0 T | 2 | 4.0% |
3.8-4.0 T | 9 | 18.0% |
3.6-3.9 T | 31 | 62.0% |
3.4-3.6 T | 4 | 8.0% |
3.2-3.4 T | 4 | 8.0% |
2、数据质量
以下测序统计显示,NovaSeq 6000 S4 PE150测序数据平均Q30在90%以上。
Novaseq 6000 S4 PE150 测序数据统计
文库类型 | Q30范围 | 平均Q30 |
≥95% | 85.9~95.6% | 91.8% |
1、碱基质量分布图
碱基测序质量反映了测序错误率,质量值越大,错误率越小。
2、碱基含量分布图
碱基含量分布图用于检测有无AT、GC分离现象,而这种现象可能是测序或者建库所带来的,它会影响后续的定量分析。理论上每个测序循环上的GC及AT含量应分别相等,且在整个测序过程基本稳定不变,呈水平线,而N含量也反映了测序质量的好坏。
类别 | 官方指标 | 安诺基因产出 |
每次运行最大的芯片数 | 2 | |
每次运行lane的数量 | 2*4(1张芯片有4条lane) | |
每次运行的通量 | 4.8-6.0 Tb | 6.4~6.8 Tb |
每条lane的通量 | 600~750Gb | 800~850 Gb |
支持的读长 | 2*150 bp(PE150) | |
运行时间 | ~48h | |
碱基质量 | Q30≥80% | Q30≥85% |