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lncRNA

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长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,位于细胞核或胞质内。LncRNA起初被认为转录的“噪音”,而后越来越多的研究表明,LncRNA 在众多生命活动过程中发挥重要作用,LncRNA因此引起人们广泛的关注。lncRNA测序技术也随之广泛应用于基因表达调控、物种进化、胚胎发育、物质代谢以及环境抗逆等研究。


产品优势
  • 经验丰富
    提取成功率91%+,建库成功率99%+,物种覆盖多,项目经验2000+
  • 实验技术成熟
    采用官方建库试剂盒,rRNA残留率<10%,且稳定
  • 专业的实验/分析团队
    实验人员平均建库经验3年+,生信人员平均专注转录调控领域5年+
  • 一站式服务
    售前方案设计,售中异常解决,售后个性化分析,多方位服务
产品特点
  • 数据利用率高
    去核糖体链特异性建库,一次建库,可以同时获得mRNA/LncRNA/circRNA/miRNA数据
  • 可预测新的lncRNA
    既可鉴定已知的lncRNA,又可以预测新的lncRNA
  • 组学分析
    LncRNA+mRNA、LncRNA+miRNA、全转录组、LncRNA+表观等
  • 三位一体
    三位一体的转录组分析解决方案(lncRNA-mRNA-circRNA)


lncRNA.png
产品类型测序平台及策略推荐数据量数据质量
去核糖体链特异性文库

illumina/MGI PE150

≥12GQ30≥85%

产品类型样品要求
lncRNA样品需求量动物样品:≥1 μg;植物叶片、茎类样品≥2 μg;其他植物、微生物类样品≥2μg;
样品浓度动物样品:≥100 ng/μl;植物叶片、茎类样品≥100 ng/μl;其他植物、微生物样品≥100 ng/μl;
样品纯度
OD260/280=1.8~2.2;
RNA完整性植物样品RIN≥5.5;动物样品RIN≥5.8;昆虫样品≥7。
lncRNA参与山羊体细胞核移植胚胎发育的重编程过程
Long non-coding RNA lnc_3712 impedes nuclear reprogramming via repressing Kdm5b
期刊:Molecular therapy-nucleic acids    发表时间:2021.02    影响因子:8.884    合作单位:南京农业大学    合作方式:提供服务
设计思路

lncRNA案例分析流程图.png

研究结果

lncRNA测序明确和体细胞核移植胚胎相比,山羊体细胞核转移胚胎中差异表达的lncRNA功能主要和细胞增殖、发育、多能干细胞调节等过程等密切相关,通过lncRNA-mRNA互作关系确定lnc_3712作为后续重点研究对象。


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图1 通过lncRNA-mRNA互作关系,确定lncRNA_3712


通过转录组测序明确了lnc_3712敲降改善了胚胎基因组激活阶段体细胞核转移胚胎的基因转录,其中体细胞核移植胚胎中三个关键合子基因组激活基因的转录重编程和表达得到了恢复。


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图2 敲降lncRNA_3712后对于体细胞核移植胚胎中相关基因表达的影响


在lnc_3712敲降后的体细胞核移植胚胎中,组蛋白去甲基化酶Kdm5b的表达增加,H3K4me3修饰在山羊的4细胞体外受精胚胎到囊胚阶段逐渐被移除,胚胎生长效率提高。lnc_3712通过Kdm5b正向调控H3K4me3修饰。


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图3 lnc_3712通过Kdm5b正向调控H3K4me3修饰


参考文献

Deng M , Wan Y , Chen B , et al. Long non-coding RNA lnc_3712 impedes nuclear reprogramming via repressing Kdm5b[J]. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2021.

  • Q: 什么是长链非编码RNA?以及它们的作用?
    A:
    哺乳动物基因组序列中约5%~10%被稳定转录,蛋白质编码基因仅约占1%,其余4%~9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA)是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%~9%中长度大于200 nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面:第一,影响周边基因的表达;第二,调控蛋白质活动及定位;第三,产生小分子RNA;第四,对其他RNA的调控作用。

  • Q: rRNA的去除方法有哪些?
    A:
    有些long non-coding RNA有polyA尾,有些没有,为了保证能够获得所有long non-coding RNA,就不能用oligodT标记磁珠进行富集,只能用去rRNA试剂盒去除核糖体RNA。不同物种rRNA去除效果跟试剂盒中所使用探针的匹配程度有很大相关,如果去除效果不好,需要加大测序数据量达到相应的clean data。

  • Q: long non-coding RNA为什么构建链特异性文库?
    A:
    很多基因组区域具有正负链的转录本,反义转录是真核基因的一个特征,是一种重要的调控方式。使用ssRNA-Seq(Strand-Specific)能够保留RNA的方向性信息,可以确定转录本来自正链还是负链,以便更加准确的获得基因的结构以及基因表达信息。
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