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kinnex全长转录组

  • 产品简介
  • 技术流程
  • 样本要求

Kinnex全长转录组应用 MAS-Seq 方法,将 cDNA 分子串联成长片段,串联分子使用Pacbio Revio平台进行测序,产生的 HiFi reads 经过生物信息学拆分,即可还原原始 cDNA 序列,经过Revio测序获得的HiFi reads相较Sequel II(传统Iso-Seq方法)提升14.8倍,这一通量的提升,不仅让丰富的转录组数据更加触手可及,同时也大幅减轻了科研预算的压力。

全长转录组测序,RNA分子无需打断,测序可直接获得完整序列。通过全长转录组测序能够更准确地得到转录本信息,可鉴定更多可变剪接位点、新基因和新的异构体、融合基因等。


产品优势
  • 高通量
    1张Revio cell可获得高达40M+的高质量HiFi reads
  • 高准确性
    数据准确率高(~ 99.9%),无需短读长测序数据纠错
  • 低成本
    Kinnex全长转录组方案可大幅提高测序通量,降低建库测序成本
  • 获取完整全长转录组
    直接获得的是5'-3'的全长Isoform,无需拼接,准确性高
  • 高准确的结构分析
    提供高精度的ORF预测和可变剪接点检测,能够识别新基因和新的可变剪接亚型
  • 可拓展的定量分析
    近饱和的全长转录组测序可进行基因/转录本定量分析
  • 灵活的数据量选择
    根据研究目的和研究样本量,选择单样或混样测序,满足测序需求的同时降低批次效应
应用领域
  • 揭示物种的转录组复杂性
  • 辅助基因组注释
  • 探究不同处理条件下的转录本差异
  • 不同时空、组织的转录本结构、功能特异性
  • 通过可变剪切、融合基因等探究疾病的发生机制


kinnex全长转录组技术流程图.png
测序深度数据表现研究目标推荐样本类型
5M reads基因和isofroms的检出率高达80%鉴定高表达基因和isofroms、完善物种基因组注释动植物样本
10M reads发现更多低/中/高表达基因和复杂isofroms检测中/低表达基因和复杂isofroms,实现定量肿瘤疾病样本
20M reads饱和度曲线整体趋于平台期,增加测序深度对基因和isofroms的提升作用不显著检测基因和isofroms,发现低表达基因,实现定量具有复杂转录本结构的物种



 送样要求
样本类型溶液澄清, 无 DNA 污染和蛋白等杂质污染的 Total RNA
样品需求量≥1μg
样品浓度100ng/μl
样品纯度OD260/280 =2.0~2.2
OD260/230 =1.6~2.1
28s:18s ≥1.0(动物)

25s:18s≥1.0(植物)

样品完整性RIN ≥7.2 且基线平整
注意事项RNA必须无颜色、不粘稠、无颗粒物、未暴露于高温、未暴露于高低 pH,未反复

冻融



       
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